La Federación tiene un sistema de Autogobierno y una representación democrática del moviemiento asociativo, a través de los siguientes órganos de gobierno:
ÓRGANOS POLÍTICOS: Asamblea General
ÓRGANOS EJECUTIVOS: Consejo Social y Comisión Ejecutiva
ÓRGANOS CONSULTIVOS: Órganos de Control Financiero, Comisión Disciplinaria y Comisiones de Trabajo